Preview

Актуальная биотехнология

Расширенный поиск

РЕТРОТРАНСКРИПТОМ РАСТЕНИЙ: ЗАКОНОМЕРНОСТИ ОРГАНИЗАЦИИ И МАСШТАБЫ

https://doi.org/10.20914/2304-4691-2020-3-539-540

Об авторах

М. Р. Омаров
ВНИИ сельскохозяйственной биотехнологии
Россия


П. Ю. Меркулов
ВНИИ сельскохозяйственной биотехнологии
Россия


С. А. Гварамия
ВНИИ сельскохозяйственной биотехнологии
Россия


Е. И. Колганова
ВНИИ сельскохозяйственной биотехнологии
Россия


И. В. Киров
ВНИИ сельскохозяйственной биотехнологии
Россия


Список литературы

1. Slotkin K.R, Vaughn M., Borges F., Tanurdžić M., Becker J.D., Feijó J.A, Martienssen R.A. (2009) Epigenetic Reprogramming and Small RNA Silencing of Transposable Elements in Pollen. Cell. 136(3): 461-472

2. Oberlin S., et al. (2017) A genome-wide transcriptome and translatome analysis of Arabidopsis transposons identifies a unique and conserved genome expression strategy fot Ty1/Copia retroelements. Genome Res. 27: 1549-1562.

3. Guffanti G., et al. (2018) Novel Bioinformatics Approach Identifies Transcriptional Profiles of Lineage-Specific Transposable Elements at Distinct Loci in the Human Dorsolateral Prefrontal Cortex / // Molecular Biology and Evolution. - 2018. - 2435-2453 p.

4. Shadid S., Slotkin K.R. (2020) The current revolution in transposable element biology enabled by long reads. Current Opinion in Plant Biology. 54: 49-56

5. Steinbiss S, Willhoeft U, Gremme G, Kurtz S. (2009) Fine-grained annotation and classification of de novo predicted LTR retrotransposons. Nucleic Acids Research. 37(21): 7002-7013

6. Ellinghaus D., Kurtz S. Willhoeft U. (2008) LTR harvest, an efficient and flexible software for de novo detection of LTR retrotransposons. BMC Bioinformatics. 9(18)

7. Kim D., Paggi J.M., Park C., Bennet C., Salzberg S.L. (2019) Graph-based genome alignment and genotyping withHISAT2 and HISAT-genotype. Nat Biotechnol. 37: 907-915

8. Kovaka, S. et al. (2019) Transcriptome assembly from long-read RNA-seq alignments with StringTie2. Genome Biol. 20 (278)

9. Quinlan A.R., et al.. (2010) BEDTools: a flexible suite of utilities for comparing genomic features. Bioinformatics. 26(6): 841-842

10. Li H., Handsaker B., Wysoker A., Fennell T., Ruan J., Homer N., Marth G., Abecasis G., Durbin R., (2009) The Sequence alignment/map (SAM) format and SAMtools. Bioinformatics. 25(16): 2078


Рецензия

Для цитирования:


Омаров М.Р., Меркулов П.Ю., Гварамия С.А., Колганова Е.И., Киров И.В. РЕТРОТРАНСКРИПТОМ РАСТЕНИЙ: ЗАКОНОМЕРНОСТИ ОРГАНИЗАЦИИ И МАСШТАБЫ. Актуальная биотехнология. 2020;(3):539-540. https://doi.org/10.20914/2304-4691-2020-3-539-540

Просмотров: 29


Creative Commons License
Контент доступен под лицензией Creative Commons Attribution 4.0 License.


ISSN 2304-4691 (Print)