ИЗУЧЕНИЕ СТРУКТУРЫ ТРАНСКРИПТОМА РАСТЕНИЙ МЕТОДОМ ПРЯМОГО СЕКВЕНИРОВАНИЯ РНК НА ПЛАТФОРМЕ OXFORDNANOPORE
https://doi.org/10.20914/2304-4691-2020-3-536-538
Об авторах
А. И. ГлушкевичРоссия
А. Н. Князев
Россия
И. А. Фесенко
Россия
Список литературы
1. Goodstein D.M. [и др.]. Phytozome: a comparative platform for green plant genomics // Nucleic Acids Research. 2012. № D1 (40). C. D1178 D1186.
2. Lang D. [и др.]. The Physcomitrella patens chromosome-scale assembly reveals moss genome structure and evolution // The Plant Journal. 2018. № 3 (93). C. 515-533.
3. Leger A. [и др.]. Genomics. RNA modifications detection by comparative Nanopore direct RNA sequencing. 2019.
4. Li H. [и др.]. The Sequence Alignment/Map format and SAMtools // Bioinformatics. 2009. № 16 (25). C. 2078-2079.
5. Li H. Minimap2: pairwise alignment for nucleotide sequences // Bioinformatics. 2018. № 18 (34). C. 3094-3100.
6. Liao Y., Smyth G.K., Shi W. feature Counts: an efficient general purpose program for assigning sequence reads to genomic features // Bioinformatics. 2014. № 7 (30). C. 923-930.
7. Love M.I., Huber W., Anders S. Moderated estimation of fold change and dispersion for RNA-seq data withDESeq2 // Genome Biology. 2014. № 12 (15). C. 550.
8. Parker M.T. [и др.]. Nanopore direct RNA sequencing maps the complexity of Arabidopsis mRNA processing and m6A modification // eLife. 2020. (9). C. e49658.
9. Robinson J.T. [и др.]. Integrative genomics viewer // Nature Biotechnology. 2011. № 1 (29). C. 24-26.
10. Quinlan A.R., Hall I.M. BED Tools: a flexible suite of utilities for comparing genomic features // Bioinformatics. 2010. № 6 (26). C. 841-842.
11. Tang A.D. [и др.]. Full-length transcript characterization ofSF3B1 mutation in chronic lymphocytic leukemia reveals downregulation of retained introns // Nature Communications. 2020. № 1 (11). C. 1438.
12. Zhang S. [и др.]. New insights into Arabidopsis transcriptome complexity revealed by direct sequencing of native RNAs // Nucleic Acids Research. 2020. C. gkaa588.
Рецензия
Для цитирования:
Глушкевич А.И., Князев А.Н., Фесенко И.А. ИЗУЧЕНИЕ СТРУКТУРЫ ТРАНСКРИПТОМА РАСТЕНИЙ МЕТОДОМ ПРЯМОГО СЕКВЕНИРОВАНИЯ РНК НА ПЛАТФОРМЕ OXFORDNANOPORE. Актуальная биотехнология. 2020;(3):536-538. https://doi.org/10.20914/2304-4691-2020-3-536-538